Si ya es problemático el asunto de las leyes de propiedad intelectual, éste cobra mayor problemática en el caso de las patentes de software. La Comisión Europea lleva varios años tratando de imponerlas en el marco de la Unión Europea, pero por ahora la alta confrontación al proyecto ha bloqueado las numerosas iniciativas en esta línea.
Por un lado, se argumenta que las patentes potenciarían la innovación, pues la "golosina" de aprovecharse de las rentas de una nueva creación impulsará a las feroces empresas a investigar en su busca. Esta lógica netamente capitalista ya ha sido implantada en EEUU, con la consecuencia directa de un enorme beneficio para las grandes corporaciones.
Sin embargo, es sencillo entender la absurdez de la iniciativa con la famosa "metáfora del huevo frito". Un programa no es más que un modo de resolver un problema, es decir, un algoritmo. Si alguien patenta un algoritmo y otro lo quiere usar, tendrá que pagar por hacerlo. Un ejemplo de algoritmo sería "modo de freír un huevo". Si una empresa paga y lo patenta, cualquiera que quisiera seguir el procedimiento de romper huevos-->volcar contenido en sartén-->etc. debería de pagar, o innovar haciéndolos de otra forma (¿¿patentándolo a su vez??). Aunque el ejemplo puede resultar exagerado, ya existen precedentes de operaciones básicas patentadas en EEUU en el marco de las patentes de software: el doble click del ratón (por Micro$oft), o la instrucción lógica AND (equivalente a la multiplicación en ceros y unos).

Los diferentes colectivos que se oponen a la puesta en marcha de este sistema en Europa describen los siguientes efectos negativos de la directiva (1):
Es más, el software libre es totalmente incompatible con las patentes de programación porque no controla el número de copias distribuidas, porque hace más fácil la búsqueda violaciones de patentes (por la disposición pública del código fuente), porque significa construir descentralizadamente y en equipo, y porque es más difícil establecer las responsabilidades y evaluar los riesgos legales de las múltiples contribuciones. Linux, que es probablemente el sistema más conocido basado en software libre (y principal rival de Micro$oft, fuerte defensor de las patentes), desaparecería a medio plazo, o quedaría marginado si se aprobasen estas patentes.
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